- Centro de Ciências Matemáticas Aplicadas à Indústria
- Centro de Desenvolvimento de Materiais Funcionais
- Centro de Engenharia Molecular de Materiais Avançados
- Centro de Estudos da Favela
- Centro de Estudos da Metrópole
- Centro de Estudos de Carbono em Agricultura Tropical
- Centro de Estudos do Genoma Humano e Células-Tronco
- Centro de Inovação Teranóstica em Câncer
- Centro de Pesquisa e Inovação de Materiais Inteligentes e Quânticos
- Centro de Pesquisa e Inovação em Biodiversidade e Fármacos
- Centro de Pesquisa em Alimentos
- Centro de Pesquisa em Biodiversidade e Mudanças Climáticas
- Centro de Pesquisa em Biologia de Bactérias e Bacteriógrafos
- Centro de Pesquisa em Doenças Inflamatórias
- Centro de Pesquisa em Engenharia e Ciências Computacionais
- Centro de Pesquisa em Obesidade e Comorbidades
- Centro de Pesquisa em Óptica e Fotônica
- Centro de Pesquisa em Processos Redox em Biomedicina
- Centro de Pesquisa, Educação e Inovação em Vidros
- Centro de Pesquisa, Inovação e Difusão em Neuromatemática
- Centro de Terapia Celular
- Centro de Toxinas, Resposta-Imune e Sinalização Celular
- Gestão de Ecossistemas para Transições Sustentáveis
- Governança de Mudanças Ambientais Globais
- Instituto Brasileiro de Neurociências e Neurotecnologia
- Instituto Paulista de Resistência aos Antimicrobianos
- Núcleo de Estudos da Violência