Pela primeira vez, cientistas da Unifesp (Unifesp) mostrará a variante Federal de São Paulo que a infecção pelo vírus-CoV-2, causador da Covid-19, alteração do padrão de funcionamento dos RNAs das células. Paralelamente, eles examinaram 13 conjuntos de dados coletados ao longo de quatro estudos que analisaram o RNA viral, bem como as células animais e isso humanos.
O mais recente deles, publicado na revista Frontiers in Cellular and Infection Microbiologia, examinou o epitranscriptoma de células Vero (derivadas de macacos) e da linhagem Calu-3 humano por meio de uma técnica de sequenciamento direto do RNA. O epitranscriptoma corresponde ao conjunto de moléculas dentro de um fenômeno de RNA (exemplo de um grupo de metil à molécula) conhecido como metilação dentro de uma célula.
“Nosso primeiro achado importante neste trabalho é que a infecção pelo SARS-CoV-2 aumenta no conjunto de RNAs da célula o nível global de metilação do tipo m6A [N6-metiladenosina]comparador com células não infectadas”, conta Marcelo Briones, pesquisador do Centro de Bioinformática Médica da Escola Paulista de Medicina (EPM-Unifesp) e da investigação.
A metilação é uma modificação bioquímica que ocorre na célula pela ação de habilidades capazes de transferir parte de uma molécula para outra. Isso altera o comportamento de proteínas, enzimas, enzimas e genes. Os RNAs identificados como modificados no RNAm de estudo ao todo o conjunto de RNAs existentes; e de modo qualitativo, ao metilo de acordo com o mapa ou as células de nucleotídeos da região, de acordo com o número de RNA específico da região.
O estudo é continuação de um trabalho publicado em 2021, que define o epigenoma do vírus e apresentou o padrão da metilação em seu RNA.
“Nos vírus, a metilação tem duas funções: regular a expressão das proteínas e defender o patógeno da ação do interferon, uma substância antiviral fabricada pelo organismo”, diz Briones.
Nos trabalhos, os pesquisadores analisam o tipo mais comum de nucleotídeo de RNA, que está disponível em vários processos cruciais dos RNAs, como a localização e a capacidade de produzir proteínas. Os nucleotídeos são compostos por quatro bases nitrogenadas diferentes (guanina, citosina e uracila) distribuídos ao longo das fitas de RNA em cada célula. A equipe também observou que diferentes cepas do vírus Variações de bases nitrogenadas que variam os seus nucleotídeos têm sequência. “Desse modo, algumas cepas podem ser mais bem metiladas do que outras e, assim, proliferar melhor dentro das células”, diz Briones.
Também foi observado que uma sequência de nucleotídeos conhecida como “DRACH”, receptora da metilação m6A, é um pouco diferente dos RNAs do SARS-CoV-2 em relação aos RNAs das células. Nessa sigla, frequentemente usada em estudos do tipo, a letra D indica as bases nitrogenadas adenina, guanina ou uracila; a letra R indica adenina ou guanina; a letra A é o resíduo metilado; a letra C corresponde à citosina; ea letra H indica adenina, citosina ou uracila.
Como o vírus usa como enzimas das células para sua própria metilação, isso promove uma pressão evolutiva para que os vírus adaptem suas sequências “”de modo a ficar mais DRACHs aparências com as células. As linhas virais que melhorarão essa adaptação também serão mais eficientes para escapar do interferon.
após análise do tamanho da análise da ação do vírus SARS-CoV-2, após análise do vírus SARS-CoV-2, o passo dos cientistas será analisado para análise do vírus, uma relação de avaliação entre o nível do vírus RNA , ou seja, o quociente de multiplicação viral.
“Quanto mais metilado o vírus está, mais crescerá no citoplasma celular e maior será o seu tamanho de explosão”, explica Briones. Em situação normal, sem estímulos, uma partícula viral se replica em mil outras. “Os achados abrem a perspectiva para novos tratamentos para reposicionamento a Covid-19 de drogas conhecidas”, diz o pesquisador. Além disso, traz para a melhor compreensão da capacidade das sublinhagens de escapar ao sistema imunológico.
Metodologia
Os cientistas da Unifesp estão usando um método de sequenciamento direto de RNA chamado Nanopore (Oxford Nanopore Technologies). Uma das vantagens dessa escolha segundo os estudos, é evitar como, feita para a leitura do filamento RNA convencional, a RT-PCR (polimerase por transcriptase re, sigla em inglês).
Para ser um teste molecular de RT-PCR, a molécula de RNA é copiada e convertida em um DNA complementar, ou cDNA. Nesse processo, uma molécula que antes tinha um filamento único de nucleotídeos passa a ter dois filamentos. Depois, como padrão de cDNA são amplificadas, gerando bilhões de clones. Na visão de Briones, como muitos laboratórios estão fazendo as sequências de coronavírus a partir do cDNA, isso pode gerar alguns vieses e combinar os pesquisadores. “Acham que as trocas de nucleotídeo ocorrem, na verdade, porque havia ali uma base epigeneticamente modificada. Isso pode ser investigado e uma maneira precisa sistemática”, diz o pesquisador.
O aumento global de metilação nas células foi mapeado por um programa de detecção de máquina m6A conhecido como m6anet, que usa a tecnologia de aprendizado aprendizado de múltiplas instâncias (MIL). Em seguida, os achados foram validados por um segundo programa, o EpiNano, que usa uma técnica de support vector machine (SVM).
O estudo foi apresentado pelo professor Luizigado no projeto apresentado pelo estudo de vacinas em conjunto de testes clínicos com dados selecionadosAdOx pelo nCOV, coordenado pelo Janini. Participe da pesquisa Juliana Maricato, Carla Braconi e Fernando Antoneli. O primeiro autor, João HC Campos, é bolsista de pós-doutorado da FAPESP. O estudo contorno ainda com a participação, como segundo autor, de Gustavo V. Alves, graduando em tecnologia em informática em saúde.