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SPRACE processa dados de pesquisas sobre Covid-19 do mundo todo

Publicado em 29 abril 2020

Por Ricardo Schinaider De Aguiar - NCC Unesp

O São Paulo Research and Analysis Center (SPRACE), cujos recursos computacionais financiados por Projetos Temáticos da FAPESP estão instalados no datacenter do Núcleo de Computação Científica (NCC) da Unesp, disponibilizou desde o dia 16 de abril mais de uma centena de cores de sua estrutura computacional para colaborar com projetos de pesquisa internacionais voltado ao estudo da pandemia causada pelo coronavírus.

Em menos de uma semana, o SPRACE já havia contribuído com mais de 20 mil horas de processamento de dados. O Open Science Grid (OSG), iniciativa que fornece serviço e suporte para provedores de recursos computacionais por meio de uma malha distribuída de serviços computacionais de alto rendimento (High Throughput Computing) da qual o SPRACE faz parte, está organizando o compartilhamento de parte dessa estrutura voltada para o estudo do SARS-CoV-2. A estrutura da Unesp, localizada no câmpus da cidade de São Paulo, é o 12º núcleo que mais contribui dentro do projeto Open Science Grid (veja gráfico abaixo).

“Os pesquisadores responsáveis pelos projetos submetem jobs, contendo software e arquivos de dados que desejam analisar, para serem processados no OSG”, explica Jadir Marra, analista de informática do SPRACE. “De acordo com as especificações de cada job, o sistema do OSG escolhe a estrutura computacional dentre a qual encontra-se o SPRACE”.

Um dos projetos que tem sido processados é o Folding At Home, que visa simular a dinâmica de proteínas, incluindo o processo de enovelamento que as fazem assumir formas tridimensionais específicas, tornando-as capazes de realizar determinadas funções biológicas. Os resultados ajudam cientistas a entender melhor certos fenômenos biológicos e fornecem novas oportunidades para o desenvolvimento de terapias para uma variedade de doenças.

O projeto permite incorporar computadores pessoais no processamento. Desde o início da pandemia, o número de voluntários nas últimas semanas subiu de 30 mil para mais de 700 mil e a estrutura conta hoje com 2,4 exaFLOPs, o que é superior aos melhores 500 supercomputadores do mundo inteiro combinados.

O SPRACE também vem processando dados dos projetos DAS-Lab, da Universidade de Stanford, e WeNMR, uma comunidade de pesquisa virtual apoiada pela European Grid Infrastructure (EGI). Esses projetos buscam entender a estrutura do SARS-CoV-2, pesquisando o processo de processamento de informação e reprodução dos RNAs nos seres vivos.

Para mais informações sobre o OSG e seus projetos relacionados ao SARS-CoV-2, acesse: https://opensciencegrid.org/covid-19.html.

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