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Researchers use genomics to reconstitute yellow fever outbreak in São Paulo

Publicado em 09 novembro 2020

圣保罗黄热病暴发的基因组监测

根据发表在《PLOS病原体》杂志上的一项研究,在此期间,东南部人口最多的圣保罗州发生了三波流行/流行病波,是由该病毒的不同谱系引起的。在第一波(2016年7月至2017年1月)中,该病毒从北部进入该州,可能来自邻近的米纳斯吉拉斯州,主要在圣若泽杜里奥普雷图托和里贝拉朗普雷图等城市传播。第二次浪潮(2017年2月至6月)更加强烈,从Poçosde Caldas的Minas Gerais边界一路冲向该地区,一直延伸到Campinas。

在第三波(2017年7月至2018年2月)中,通报的案件数量最多。病毒到达圣保罗市后,向南传播到里贝拉谷地,在那里发现了人口稠密的城市,疫苗接种率低,成为主要的公共卫生问题。

由FAPESP支持的国际研究人员在该杂志上报告的这些发现,是基于对从受灾地区收集的蚊子和死于该疾病的猴子中提取的51种病毒分离株进行基因组分析的结果。该材料由圣保罗州卫生部的机构流行病学监测中心(CVE)发送给了圣保罗公共卫生中心实验室阿道夫·卢茨研究所(IAL)。

基于非人类灵长类动物病例的地理和时间分布,进行系统发育分析[研究导致新谱系出现的病毒基因组突变],以及进行系统地理分析[研究决定人类灵长类动物地理分布的过程]。不同的血统],可以查明该病毒何时进入圣保罗州,其传播速度和传播方式以及其传播的各个方面。”

IAL研究员Renato de Souza,本文的主要作者之一

Souza解释说,只有通过使用MinION基因测序技术,才能对流行病进行如此详细的描述。该平台是便携式,快速且廉价的,从而可以在案件发生的地方实时监视案件。

该策略于2016年在巴西首次用于跟踪寨卡病毒在美洲的运动(更多信息请访问agencia.fapesp.br/25472)。最近,它帮助巴西-英国虫媒病毒发现,诊断,基因组学和流行病学中心(CADDE)的研究人员跟踪了巴西COVID-19的进展。该项目由圣保罗大学的研究员Ester Sabino和英国牛津大学的Nuno Faria领导,并得到了FAPESP的支持(https://bv.fapesp.br/en/auxilios/103130),英国医学研究理事会和牛顿基金会。

黄热病病毒在亚马逊地区永久传播,偶尔会遇到有利条件使其逃逸。为了做到这一点,Souza解释说,媒介蚊子种群必须与一群密度足以在一段时间内保持传播链的野生灵长类动物接触。

他说:“这种扩张不是永久的。” “病毒最终失去了在有关环境中传播的能力,只有重新引入后才返回。2016年至2018年,传播面积空前扩大。病毒传播的条件恰到好处。它感染了野生灵长类动物。 Serra da Mantiqueira(圣保罗州的森林地区)到达圣保罗市郊大型动物公园附近的区域,只要该区域的灵长类动物种群有足够的增长,这种情况可能在几年后再次发生。这些地方。”

从流行病学角度讲,此期间爆发了黄热病。虽然有人与人之间很多情况下,传输仅仅发生外界通过树栖蚊子,如城市环境Haemagogus和Sabethes。

他说:“在这种情况下,人类暴露是偶然的。人类对自然环境和森林的渗透是造成这种情况的因素之一。”他补充说,如果通过埃及伊蚊建立了城市传播链,那么该病的发病率将会增加。更大,达到登革热暴发时的水平。

他说:“问题是,sylvatic传播结构越来越靠近城市地区,增加了将病毒引入城市环境的风险。”

跟踪猴子种群中病原体的循环被认为是一种有效的流行病学监测策略,因为它有助于及早发现高风险地区并规划诸如疫苗接种运动之类的控制策略。

“仅基于监视人类病例的监视策略仅能检测到被感染者的20%,这是有症状者的比例,因此漏报率始终很高。在猴子中,有90%的猴子会出现症状,死于这种疾病。监测这些动物可在病毒开始传播并及时实施战斗计划时识别出该疾病。”

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