A FCT-UNESP oferece cinco cursos de mestrado e três de doutorado, todos credenciados e bem avaliados pela Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) do Ministério da Educação (MEC).
Os cursos de mestrado e doutorado fomentam as atividades de pesquisa em
vários departamentos da FCT-UNESP. Os profissionais contratados em tempo integral e com elevada titulação acadêmica desenvolvem investigações científicas nos laboratórios e grupos de pesquisa da instituição com a participação direta não somente de pós-graduandos, mas também de alunos dos cursos de graduação que são bolsistas de iniciação cientifica da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) e do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).
Além dos programas de mestrado e doutorado da própria unidade, vários docentes da FCT-UNESP estão credenciados em programas de pós-graduação oferecidos por outras instituições, tanto no Brasil como no exterior.
No ano de 2008 os pesquisadores da FCT-UNESP captaram mais de cinco milhões de reais nas agências de fomento, principalmente na FAPESP, para o financiamento das pesquisas que vêm sendo desenvolvidas na instituição.
Na FCT-UNESP está estabelecido o Escritório de Pesquisa que é coordenado pelo presidente da Comissão de Pesquisa da unidade, Professor Doutor Marcelo Messias, e recebe o auxílio direto da Auxiliar Acadêmica Leonice Bigoni e da aluna Marluce da Cruz Scarabello que desenvolve estágio no referido escritório. O escritório de pesquisa tem o objetivo de estimular os docentes a submeterem projetos de pesquisa a serem financiadas por agências de fomento e auxilia na formulação de novos projetos e na realização da prestação de contas relativa aos projetos financiados pela FAPESP, CAPES, CNPq, FINEP, bem como de outras fontes de financiamento externas à UNESP.