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PARA UM MUNDO MELHOR / FOR A BETTER WORLD (540)

Publicado em 02 dezembro 2020

Por Elton Alisson | Agência FAPESP

The Center for Research on the Human Genome and Stem Cells (CEGH-CEL) of the University of São Paulo (USP) will start this Tuesday (12/01) with a test capable of diagnosing COVID-19 by saliva.

The exam can be done initially by residents of São Paulo at a cost of R $ 90 - for those who go to the institution to collect the saliva sample - or R $ 150 - for those who choose to make the self-collection and send the sample for analysis by a pick-up and delivery service provided by the center.

To request the test, you must register at the link available on the CEGH-CEL website, a Research, Innovation and Dissemination Center (CEPID) financed by FAPESP at the Institute of Biosciences (IB-USP).

“Initially, we will perform a maximum of 90 tests per day [in order of registration], the results of which will be available within 24 hours,” says Maria Rita Passos-Bueno, researcher at CEGH-CEL and project coordinator to FAPESP Agency.

The method is an alternative to the RT-PCR test, considered the gold standard for detecting the new coronavirus during the acute phase of infection, and similar to those already developed in Brazil and other countries with the aim of increasing availability and speed. and to reduce costs for carrying out molecular tests by simplifying processes. According to Passos-Bueno, the test is in accordance with the guidelines determined by the National Health Surveillance Agency (Anvisa).

In the United States, the Food and Drug Administration (FDA) - the food and drug regulatory agency - has granted authorization until the end of August for five saliva-based tests to diagnose COVID-19. One of the authorizations was for a test called SalivaDirect, developed by researchers at Yale University.

In Brazil, the Mendelics genomics laboratory has created and commercializes a similar test, and researchers at the Federal University of Goiás (UFG) are developing a kit along the same lines.

“The test we developed has some small differences compared to those that have been marketed in Brazil and the United States with regard to the reagents used,” says Passos-Bueno.

Pilot test

The test is based on a molecular technique widely used for the diagnosis of infectious diseases, such as dengue, chikungunya, hepatitis A and zika, called RT-LAMP (reverse transcription acronym followed by loop-mediated isothermal amplification).

The molecular technique has some similarities with the RT-PCR method, which uses secretion tests from the bottom of the throat and nose as samples. In both techniques reactions are induced to carry out a reverse transcription (RT) phase, in which the virus's RNA is transformed into DNA, and an amplification phase, in which specific regions of the virus are replicated millions of times so that the pathogen can be identified.

However, the RT-LAMP test developed at CEGH-CEL does not require the extraction of RNA from the virus to be detected, which is done in RT-PCR using imported reagents, which are expensive and often scarce on the market, depending on demand .

The elimination of the RNA extraction step by the RT-LAMP test is possible by breaking the virus capsid by heating and adding a solution developed by the CEGH-CEL researchers, which stabilizes the virus for the processes of converting the viral RNA into DNA and for the amplification of the genetic material of the virus to facilitate its detection in saliva.

This entire process takes place at constant temperature, using a method called loop-mediated isothermal amplification (LAMP) (read more at agencia.fapesp.br/33998).

“We were able to develop the enzymes necessary to carry out this process, which are the main inputs of the test, through work developed by Professor Shaker Chuck Farah, from USP's Institute of Chemistry (IQ)”, says Passos-Bueno.

The test was carried out twice a week on 25 IQ-USP employees and 30 people linked to IB-USP. The work was supported by FAPESP and the company JBS.

“We did over a thousand tests with this group of people,” says Passos-Bueno.

Those interested in taking the test must register at the site www.genomacovid19.ib.usp.br. In the form, it will be possible to choose between making the face-to-face collection at CEGH-CEL (located at Rua do Matão, lane 13, no. 06, Cidade Universitária, Butantã) or the self-collection. Information about the available date and time will be sent to the registered email.

Published by Agência FAPESP* on December 1, 2020

*São Paulo State Research Support Foundation

(Until next Wednesday, December 9, 2020)

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PARA UM MUNDO MELHOR (540)

Teste de COVID-19 pela saliva desenvolvido na USP já está disponível

Elton Alisson

Agência FAPESP

O Centro de Pesquisa sobre o Genoma Humano e Células-Tronco (CEGH-CEL) da Universidade de São Paulo (USP) disponibiliza a partir desta terça-feira (01/12) um teste capaz de diagnosticar a COVID-19 pela saliva.

O exame poderá ser feito inicialmente por moradores da capital paulista ao custo de R$ 90 – para quem for à instituição para a coleta da amostra de saliva – ou de R$ 150 – para quem optar por fazer a autocoleta e enviar a amostra para análise por um serviço de retirada e entrega disponibilizado pelo centro.

Para solicitar o teste é preciso fazer um cadastro no link disponível no site do CEGH-CEL, um Centro de Pesquisa, Inovação e Difusão (CEPID) financiado pela FAPESP no Instituto de Biociências (IB-USP).

“Inicialmente realizaremos no máximo 90 testes por dia [por ordem de cadastro], cujos resultados serão disponibilizados em até 24 horas”, diz à Agência FAPESP Maria Rita Passos-Bueno, pesquisadora do CEGH-CEL e coordenadora do projeto.

O método é uma alternativa ao exame de RT-PCR, considerado o padrão-ouro para detectar o novo coronavírus durante a fase aguda da infecção, e similar aos já desenvolvidos no Brasil e em outros países com o objetivo de aumentar a disponibilidade e a rapidez e diminuir os custos para realização de testes moleculares por meio de simplificações dos processos. Segundo Passos-Bueno, o teste está de acordo com as diretrizes determinadas pela Agência Nacional de Vigilância Sanitária (Anvisa).

Nos Estados Unidos, a Food and Drug Administration (FDA) – agência regulamentadora de alimentos e fármacos – concedeu até o fim de agosto autorização para uso emergencial de cinco testes para diagnóstico de COVID-19 baseados em saliva. Uma das autorizações foi para um teste chamado SalivaDirect, desenvolvido por pesquisadores da Universidade Yale.

No Brasil, o laboratório de genômica Mendelics criou e já comercializa um teste similar, e pesquisadores da Universidade Federal de Goiás (UFG) estão desenvolvendo um kit na mesma linha.

“O teste que desenvolvemos tem algumas pequenas diferenças em comparação com os que têm sido comercializados no Brasil e nos Estados Unidos no que se refere aos reagentes utilizados”, afirma Passos-Bueno.

Teste-piloto

O teste é baseado em uma técnica molecular amplamente utilizada para o diagnóstico de doenças infecciosas, como dengue, chikungunya, hepatite A e zika, chamada RT-LAMP (sigla em inglês de transcrição reversa seguida por amplificação isotérmica mediada por alça).

A técnica molecular tem algumas semelhanças com o método RT-PCR, que utiliza como amostras para realização dos testes secreções do fundo da garganta e do nariz. Em ambas as técnicas são induzidas reações para a realização de uma fase de transcrição reversa (RT), na qual o RNA do vírus é transformado em DNA, e uma fase de amplificação, em que regiões específicas do vírus são replicadas milhões de vezes para que o patógeno possa ser identificado.

Porém, o teste RT-LAMP desenvolvido no CEGH-CEL não requer a extração do RNA do vírus para ser detectado, o que é feito no RT-PCR por meio de reagentes importados, que são caros e frequentemente escassos no mercado, dependendo da demanda.

A eliminação da etapa de extração do RNA pelo teste de RT-LAMP é possível pelo rompimento do capsídeo do vírus por aquecimento e adição de uma solução desenvolvida pelos pesquisadores do CEGH-CEL, que estabiliza o vírus para os processos de conversão do RNA viral em DNA e para a amplificação do material genético do vírus para facilitar a detecção dele na saliva.

Todo esse processo ocorre em temperatura constante, por um método chamado amplificação isotérmica mediada por alça (LAMP, na sigla em inglês) (leia mais em agencia.fapesp.br/33998).

“Conseguimos desenvolver as enzimas necessárias para a realização desse processo, que são os principais insumos do teste, por meio de um trabalho desenvolvido pelo professor Shaker Chuck Farah, do Instituto de Química (IQ) da USP”, diz Passos-Bueno.

O teste foi realizado duas vezes por semana em 25 funcionários do IQ-USP e 30 pessoas ligadas ao IB-USP. O trabalho foi apoiado pela FAPESP e pela empresa JBS.

“Fizemos mais de mil testes com esse grupo de pessoas”, afirma Passos-Bueno.

Os interessados em realizar o teste devem se cadastrar pelo site www.genomacovid19.ib.usp.br. No formulário será possível escolher entre fazer a coleta presencial no CEGH-CEL (situado na rua do Matão, travessa 13, no. 06, Cidade Universitária, Butantã) ou a autocoleta. As informações sobre a data e o horário disponíveis serão enviadas para o e-mail cadastrado.

Publicado por Agência FAPESP* em 1 de Dezembro, 2020

*Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo

(Até a próxima Quarta-Feira, 9 de Dezembro, 2020)

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