Dans un article publié dans le Journal de pédiatrie des chercheurs basés au Brésil décrivent le cas d’un garçon de neuf ans admis à l’hôpital avec de multiples symptômes et des conditions superposées qui rendaient le diagnostic difficile, comme une petite taille, un émail dentaire fin (hypoplasie de l’émail dentaire), une déficience mentale modérée, un retard d’élocution. , de l’asthme, une glycémie légèrement altérée et des antécédents d’infections récurrentes pendant la petite enfance.
L’équipe a utilisé le séquençage de l’exome, dans lequel seule la partie du génome codant pour les protéines est analysée, pour rechercher des mutations génétiques et les a trouvées dans GCK et BCL11B. En conséquence, le diagnostic était celui du diabète monogénique et du syndrome d’anomalie des lymphocytes T, qui sont tous deux des maladies rares. L’identification de la cause exacte du problème et la découverte d’une altération de la glycémie ont influencé de manière significative leur choix de traitement.
Il s’agit de l’un des six cas impliquant des troubles syndromiques de croissance avec plusieurs diagnostics génétiques (deux ou plusieurs conditions génétiques distinctes chez le même patient) décrits dans l’article, qui concerne une étude menée par des chercheurs de la Faculté de Médecine de l’Université de São Paulo (FM-USP ) avec le soutien de la FAPESP.
Le séquençage de l’Exome est une technologie très utile pour réduire ce que nous appelons l’odyssée du diagnostic – le long voyage que les patients atteints de maladies rares ou complexes doivent parcourir jusqu’à ce qu’ils reçoivent un diagnostic approprié. Il y a dix ans, les laboratoires privés facturaient 10 000 BRL. Le prix est désormais tombé à 4 000 BRL [ about USD 800 ]. Cela représente encore beaucoup d’argent pour un test, mais il s’est avéré essentiel pour un diagnostic et un traitement précis dans des cas de ce type. »
Alexander Augusto de Lima Jorge, dernier auteur de l’article
L’équipe a séquencé les exomes de 115 patients présentant des troubles syndromiques de croissance dont les causes étaient jusqu’alors inconnues, en diagnostiquant 63 sur la base de l’analyse génétique ; 9,5 % d’entre eux avaient un diagnostic multiple, bien plus que dans les études précédentes.
« Les cas impliquaient deux ou plusieurs affections monogéniques rares chez le même patient. De tels cas sont très difficiles à diagnostiquer, en particulier par la seule évaluation clinique. L’étude met en évidence la nécessité d’utiliser des tests génétiques plus larges tels que le séquençage de l’exome entier ou du génome entier pour ces patients. comme le seul moyen d’identifier les maladies rares qui expliquent de tels groupes de pathologies », a déclaré Lima Jorge.
Il existe de nombreuses maladies rares, notamment les troubles de la croissance, il est donc naturellement difficile d’en identifier un grand nombre, a-t-il ajouté. On estime qu’entre 5 et 10 % de la population mondiale souffre d’une maladie rare.
Une petite taille ou une grande taille n’est pas un diagnostic mais un résultat clinique. « Une petite taille peut avoir une cause externe, telle qu’une infection ou une malnutrition. Même ainsi, les facteurs génétiques seront toujours importants pour la croissance. Chez les enfants en bonne santé ayant une petite ou une grande taille comme seule manifestation, il y aura probablement une base polygénique. [ where stature is influenced by several genetic variants ]mais dans les troubles syndromiques de croissance, dans lesquels une petite ou une grande taille s’accompagne d’autres signes tels qu’un déficit mental, une surdité, un trouble du spectre autistique ou une malformation, une altération d’un ou plusieurs gènes est plus susceptible de justifier le phénotype complexe impliqué, « , a déclaré Lima Jorge.
À la lumière de ces résultats, les chercheurs préconisent la reconnaissance de diagnostics génétiques multiples comme une possibilité dans les cas complexes de troubles de la croissance, ouvrant ainsi de nouvelles perspectives de traitement et de conseil génétique pour ces patients, à la place du paradigme typique qui appelle à un diagnostic unique pour expliquer toutes les découvertes.
Dans l’article, les chercheurs déclarent que le développement de techniques de séquençage de nouvelle génération telles que le séquençage de l’exome entier ou du génome entier a rendu inutile la sélection d’un seul gène comme candidat pour expliquer un cas. Cet avantage particulier s’est avéré utile dans l’environnement de recherche pour favoriser la découverte de nouveaux gènes associés à des maladies, pour approfondir l’étude de maladies présentant un degré élevé d’hétérogénéité génétique et pour aider à soigner les patients atteints de maladies syndromiques complexes, pour lesquelles les diagnostics ne peuvent être établis. obtenu par des méthodes cliniques et génétiques traditionnelles.
Plusieurs défis soulignés par Lima Jorge incluent le coût élevé des tests génétiques et le fait que le séquençage de l’exome a un taux de réussite d’environ 50 % dans le diagnostic des cas complexes. En d’autres termes, environ la moitié des patients soumis à ce type d’analyse devront continuer à chercher un diagnostic concluant.