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La variante gamma est plus agressive, mais peut être contenue avec un vaccin

Publicado em 06 agosto 2021

En corrélant les données de séquençage génomique et les analyses épidémiologiques dans la ville de São José do Rio Preto (SP), les chercheurs ont pu démontrer l’impact de la prévalence du variant P.1 (maintenant appelé Gamma) dans la sortie des cas et des décès de covid19. La plus grande transmissibilité de cette souche a été associée à une augmentation significative des cas graves (127 %) et des décès (162 %) en mars et avril 2021, dans la municipalité de l’intérieur de São Paulo.

L’étude, publiée sur la plateforme medRxiv mais sans examen par les pairs, souligne l’importance de la vaccination pour protéger la population et l’efficacité du confinement de 15 jours, stipulé dans la ville en mars, pour contenir la propagation du virus.

« Ce sont des conclusions attendues, mais elles ont besoin de preuves claires en raison de l’environnement dans lequel nous vivons. Notre étude confirme que les vaccins protègent contre la mort de covid-19 et que le verrouillage fonctionne pour réduire la circulation du virus. En dehors de cela, nous avons pu démontrer que P1 est, en fait, une variante plus agressive, quelque chose qui n’était pas encore aussi clair parmi la communauté scientifique », explique Maurício Lacerda Nogueira, professeur à la faculté de médecine de São José do Rio Preto ( Famerp) .

L’étude a été réalisée par le Laboratoire de recherche en virologie de Famerp à l’Hôpital de Base (HB) de Rio Preto, en partenariat avec l’Université d’État de São Paulo (Unesp), l’Université de São Paulo (USP), la Fondation Bill & Melinda Gates, l’Université de Washington , Direction médicale de l’Université du Texas et Secrétariat municipal de la santé de São José do Rio Preto. Le groupe a été soutenu par la FAPESP (Fondation d’Appui à la Recherche de l’État de São Paulo), par le Réseau Corona-ômica (maintenu par le Ministère de la Science, de la Technologie et de l’Innovation à travers le Financier des Etudes et des Projets et le Conseil National de la Science et de la Développement). Technologique), du Butantan Institute et des National Institutes of Health, aux États-Unis.

Dans le cadre de l’étude, une surveillance génomique du SRAS-CoV-2 à Rio Preto et dans la région est réalisée depuis octobre 2020. Les chercheurs ont analysé 272 génomes complets du nouveau coronavirus afin de détecter la prévalence des variants. Sur les 12 souches identifiées, les plus répandues étaient P.1 (72,4%), P.2 (11%), B.1.1.28 (5,6%) et N.9 (4,6%).

le bal des variantes

Les variants sont des formes mutées du virus et, bien que la grande majorité présentent un comportement épidémiologique similaire à celui de la souche ancestrale, certains d’entre eux sont préoccupants car ils sont potentiellement plus transmissibles voire plus mortels. La lignée P.1 (Gama) est apparue début novembre 2020, à Manaus (AM), et s’est rapidement propagée à d’autres États brésiliens, principalement ceux de la région du Sud-Est.

En décembre 2020, le variant B.1.1.7 (Alpha) a été détecté pour la première fois au Royaume-Uni. Elle est attribuée à une transmission accrue entre 30% et 50% et la gravité des cas est 30% plus élevée.

En Afrique du Sud, le variant B.1.351 (Beta) a été détecté pour la première fois, associé à un risque accru de transmission et à une réduction de la neutralisation virale par thérapie avec des anticorps monoclonaux, des sérums de convalescence et des sérums post-vaccination.

Plus récemment, la variante Delta, détectée pour la première fois en Inde, s’est propagée dans le monde entier, affectant peut-être la récente augmentation des cas en Europe, aux États-Unis et en Chine.

Variante gamma, une étude de cas

Nogueira explique qu’à partir de la fin de l’année dernière, la ville de São José do Rio Preto a connu deux pics majeurs de cas et de décès : un en décembre 2020 et un autre en février 2021, lorsque les occurrences de la maladie ont explosé.

« Selon l’analyse, en octobre de l’année dernière, plusieurs variantes du coronavirus circulaient. En décembre, cependant, il y avait une prédominance de P2 [detectada pela primeira vez no Rio de Janeiro], ce qui peut avoir entraîné la sortie des cas, mais sans augmentation de la gravité de la maladie. C’est le 26 janvier 2021 que nous avons détecté le premier cas de P1 dans la ville et, peu de temps après, cette souche est devenue dominante. C’est durant cette période, à partir de mars, qu’il y a une augmentation de plus de 100 % du nombre de cas graves et de décès », révèle Nogueira.

Le chercheur explique qu’il n’est pas possible de dire que P2 était responsable de l’augmentation des cas à la fin de 2020. C’est parce que la période des vacances a également coïncidé avec un plus grand mouvement de personnes à travers le pays et, par conséquent, une plus grande transmission de la maladie. maladie.

Dans le cas de P1 (Gama), selon le chercheur, cette corrélation peut être prouvée, ce qui met fin à une grande discussion dans la communauté scientifique pour savoir si la variante était vraiment plus agressive et responsable d’un plus grand nombre de décès. .

« Les études menées à Manaus ont indiqué la mort d’un très grand nombre de personnes et, en janvier, l’effondrement total du système de santé en Amazonas s’est produit, l’oxygène manquait, des personnes sont mortes sans pouvoir respirer et même des bébés dans des couveuses. [que não necessariamente tinham covid-19] ils devaient être transférés pour recevoir un traitement dans d’autres États. En plus de la variante, il y avait un certain nombre d’autres facteurs bien connus qui ont conduit à une situation de crise humanitaire », dit-il.

La situation à São José do Rio Preto en mars était différente de celle de Manaus en janvier 2021. La municipalité de São Paulo, avec 400 000 habitants, dispose d’un système de santé plus robuste et a adopté un confinement au pic de transmission de la variante P1. . « À Rio Preto, il n’y a pas eu d’effondrement du système de santé, ni de manque d’oxygène. Ce qui s’est passé était très dur, nous avons eu 300 personnes dans les soins intensifs [unidades de terapia intensiva], mais sans atteindre la capacité maximale. Nous avons passé un jour ou deux avec une occupation du lit à 100%. Même avec ce meilleur scénario, la mortalité était beaucoup plus élevée que lors des pics précédents. C’est parce que P1 est une variante plus agressive », évalue-t-il.

Les vaccins sauvent des vies

Un autre facteur important était que la période de sortie des infections P1 dans la ville de São Paulo coïncidait avec la vaccination des personnes âgées. «Quand il y a eu la propagation du P1 dans la ville, près de 100% des personnes de plus de 70 ans ont été vaccinées, la plupart avec CoronaVac. Selon l’étude, les vaccins correspondent à entre 60 et 70 % de protection contre la mort dans les cas graves dans cette population vaccinée, ce qui est une excellente nouvelle », dit-il.

Selon Nogueira, les études de surveillance génomique se poursuivent. L’équipe enquêtera à la fois sur ce qui s’est passé l’année dernière (avant l’apparition des nouvelles variantes) et surveillera les prochains mois de la pandémie. « Nous continuons à faire ces analyses et corrélations sur une base hebdomadaire. Nous n’avons toujours pas détecté la variante Delta dans le comté, mais je pense que ce n’est qu’une question de temps. L’étude nous permettra de suivre l’impact de la concurrence probable entre Delta et Gamma », prédit-il.

Il souligne que, bien qu’il y ait eu une occurrence de la variante Gamma en Angleterre et aux États-Unis, l’Europe n’en a pas été affectée. « Là-bas, Gama n’était pas directement en concurrence avec Delta. Mais cela pourrait se produire ici au Brésil, comme le montrent des études à Rio de Janeiro, où la prévalence de Delta progresse », dit-il.

L’article Effets de l’introduction du SARS-CoV-2 P.1 et l’impact de la vaccination contre le covid-19 sur le paysage épidémiologique de São José Do Rio Preto, Brésil peut être lu dans www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.07.28.21261228v1.

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