Agencia FAPESP (Brasil)
Karina Toledo. Traducción Programa INFOSALUD
Con el objetivo de contribuir al monitoreo y control de bacterias multirresistentes, investigadores de la Universidad de San Pablo (USP) y colaboradores crearon la plataforma One Health Brazilian Resistance (OneBR), que reúne dados epidemiológicos, fenotípicos e informes genómicos de microorganismos clasificados por la OMS como de “prioridad crítica”, es decir, aquellos contra los cuales se necesita buscar urgentemente nuevos antibióticos porque los que disponemos actualmente perderán su efecto.
Hasta la fecha, la base de datos tiene datos sobre aproximadamente 500 patógenos humanos y se espera que pronto se agreguen otros 200. La iniciativa cuenta con el apoyo de la FAPESP, el Consejo Nacional de Desarrollo Científico y Tecnológico (CNPq) y la Fundación Bill y Melinda Gates (lea más en: agencia.fapesp.br/29415/).
“Y la plataforma no se limita a las bacterias que infectan a los humanos. La iniciativa también incluye el área veterinaria, es decir, agentes infecciosos de animales de granja o domésticos; y también microbiología ambiental y alimentaria. Nos basamos en el concepto de Una Salud [salud única, que propone la interconexión entre la salud humana, la de los animales y el ambiente que los rodea]”, manifestó a Agencia FAPESP Nilton Lincopan, profesor del Instituto de Ciencias Biomédicas (ICB-USP) y coordinador del proyecto.
Otra perspectiva del grupo es incluir datos recopilados por colegas latinoamericanos. “Estamos hablando con investigadores de Chile, Argentina, Uruguay, Ecuador, entre otros. Sería más interesante monitorear las bacterias a nivel continental, ya que hay un gran movimiento de personas y animales entre países. La plataforma es como lego. Construimos la base y, a partir de ahí, las posibilidades son infinitas”, dice Lincopan.
El acceso al material es gratuito, online y no requiere registro ni autorización. Basta ingresar al sitio y navegar. Entre las informaciones disponibles están: el lugar donde se aisló el patógeno (con datos de geolocalización del hospital o servicio de salud), datos clínicos del paciente (si se aisló la bacteria de la piel o sangre, por ejemplo; en qué fecha; el tipo de enfermedad que provocó, qué fármacos se administraron, si el paciente estuvo hospitalizado, etc.), datos epidemiológicos (número de casos registrados y distribución geográfica, por ejemplo) y la secuencia completa del genoma bacteriano, destacando los principales genes de resistencia y virulencia, información que puede ayudar al médico a elegir un antibiótico que sea eficaz.
Todos los genomas ingresados en la base de datos fueron secuenciados por el equipo de Lincopan. Los aislados bacterianos enviados por colaboradores de todo Brasil se almacenan en un biorrepositorio con sede en la USP.
“Supongamos que se detecta una bacteria multirresistente en un paciente de Recife. El profesional de la salud busca en la plataforma y descubre que ese mismo clon fue aislado en un hospital de São Paulo el año anterior. Él podrá preguntar si el paciente estuvo hospitalizado en ese hospital y, de ser así, avisar a la institución sobre la propagación y posible origen del patógeno”, ejemplifica el investigador.
El big data recopilado en la plataforma puede ser útil no solo para médicos y equipos de vigilancia de la salud, sino también para veterinarios, biólogos, ingenieros ambientales e investigadores vinculados al área de la biotecnología, dice Lincopan.
“Es posible, por ejemplo, buscar marcadores moleculares que permitan desarrollar kits de diagnóstico. Otra aplicación que estamos explorando, con colegas del área de inteligencia artificial [IA], es la automatización del antibiograma a partir de datos genómicos”, dice.
Según explica el investigador, el antibiograma es una prueba que se hace para saber a qué antibióticos es susceptible una bacteria. Hoy la técnica involucra el cultivo in vitro del microorganismo, en un proceso que demora hasta 48 horas. Con datos genómicos y técnicas de IA sería posible obtener esta información el mismo día del diagnóstico.
Desafío global
En 2017, la OMS publicó la primera lista de "agentes patógenos prioritarios" resistentes a los antibióticos: un catálogo de 12 familias de bacterias que representan la mayor amenaza para la salud humana. La lista se elaboró en un intento de guiar y promover la investigación y el desarrollo de nuevos antibióticos como parte de los esfuerzos para abordar la creciente resistencia mundial a los medicamentos antimicrobianos.
La lista de la OMS está dividida en tres categorías según la urgencia con la que se necesiten nuevos antibióticos: prioridad crítica, alta o media.
El grupo más crítico de todos incluye bacterias multirresistentes, que son particularmente peligrosas en hospitales, hogares de ancianos y entre pacientes cuyos cuidados requieren procedimientos invasivos tales como ventilación mecánica y catéteres intravenosos. Entre ellos se encuentran Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacterales (incluyendo Klebsiella pneumoniae, E. coli, Serratia marcescens y Proteus spp). Son patógenos que pueden causar infecciones graves y se han vuelto resistentes a una gran cantidad de antibióticos, incluidos los carbapenémicos y las cefalosporinas de tercera generación, los mejores antibióticos disponibles para tratar las bacterias multirresistentes.
El segundo y tercer nivel de la lista, las categorías de prioridad alta y media, contienen otras bacterias que son cada vez más resistentes a los medicamentos y causan enfermedades comunes como la gonorrea o la intoxicación alimentaria causada por Salmonella.
Uno de los primeros análisis de datos genómicos nacionales contenidos en la plataforma fue liderada por la cursante de posdoctorado del ICB-USP, Bruna Fuga. Los resultados fueron publicados en la revista Microbiology Spectrum, de la Sociedad Americana de Microbiología. El estudio advierte sobre la rápida diseminación y adaptación de clones internacionales de E. coli, que presentan la convergencia de un amplio resistoma (conjunto de genes de resistencia a los antimicrobianos) y viruloma (conjunto de genes de virulencia), en la interfaz humana-ambiental-animal en Brasil, lo que prospectivamente será un desafío de salud único para el escenario pospandemia.
Para más informaciones sobre la plataforma OneBR y sobre los estudios ya publicados con base en los datos catastrados acceder a: onehealthbr.com/.
El artículo “WHO Critical Priority Escherichia coli as One Health Challenge for a Post-Pandemic Scenario: Genomic Surveillance and Analysis of Current Trends in Brazil” puede leerse en: journals.asm.org/doi/epub/10.1128/spectrum.01256-21.