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Ester Cerdeira Sabino: Na cola do coronavírus

Publicado em 02 setembro 2021

Por Carlos Fioravanti

O pesquisador que coordenou o sequenciamento genético da nova variedade diz que o pico da doença no Brasil deve ocorrer entre abril e início de maio.

Léo Ramos Chaves

Quando chegou ao Brasil em fevereiro, o mais novo coronavírus a surgir na China descobriu uma equipe de pesquisadores espertos, já trabalhando com o agente causador da dengue, dominou uma estratégia de mapeamento genético imediato e não perdeu tempo mergulhando no sequenciamento do vírus da dengue. . amostras retiradas dos primeiros pacientes detectados na cidade de São Paulo. À frente da entidade está a médica Ester Sabino, de 60 anos, paulista, pesquisadora do Instituto de Medicina Tropical da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. Paulo (IMT-FM-USP) e coordenador do Centro Conjunto Brasil-Reino Unido para Descoberta, Diagnóstico, Genômica e Epidemiologia de Arbovírus (Cadde), financiado pelo Conselho de Pesquisa Médica do Reino Unido e FAPESP.

Embora admita ter corrido com coronavírus por acidente, não é a primeira vez que ele faz esse tipo de trabalho, já que no início dos anos noventa, enquanto trabalhava no Instituto Adolfo Lutz (IAL) e na Fundação Pró-Sangue, Sabino participou do sequenciamento das cepas de HIV descobertas no Brasil. Nos anos seguintes, juntou-se às equipes de estudo de transfusão de sangue e doenças tropicais para focar em outras 2. 000 pessoas com doença de Chagas e outras 3. 000 com anemia falciforme, que ele lê desde 2006.

O sequenciamento genético do coronavírus trouxe notoriedade súbita aos pesquisadores dessa organização – dos 27, 17 são mulheres e 14 são bolsistas da FAPESP – que têm entrevistados comuns em jornais, rádio e televisão há semanas, mas isso não aliviou o medo de Sabino sobre a propagação da epidemia no Brasil, como relatado na entrevista a seguir, concedido em 6 de março.

O que você acha que merece acontecer com a nova epidemia de coronavírus no Brasil? Como a transmissão deste vírus é muito imediata e difícil de conter, terá que ser igual aqui que na Itália e no Reino Unido. É para estimar o número de casos, mas ainda temos um mês ou dois antes que a epidemia se agrave. O pico está previsto para ocorrer entre abril e início de maio, que é o pico das doenças respiratórias no Brasil. Espero que isso também não contribua para o acúmulo de casos de dengue. Seria um desastre geral. Estamos em meio a uma gigantesca epidemia de dengue [182 mil casos no país, 61 mil no estado de São Paulo e 32 mortes de janeiro a início de março de 2020]. Queremos ser informados do que outros países estão fazendo e ver o momento mais produtivo para fechar escolas, museus e outros espaços públicos, para não permanecermos abertos e definitivos até que o perigo passe. É difícil determinar o momento certo para uma ação mais drástica e ainda mais difícil quando se trata de um novo vírus, que não é muito conhecido. A Inglaterra está fechando agora, mas tem mais instâncias que o Brasil e já com transmissão interna. A Itália já parou. O maior desafio são os hospitais.

Para quê? Porque podem ser recursos de transmissão de vírus. Em Wuhan, china, muitas outras pessoas inflamadas foram a hospitais e transmitiram o vírus para outras pessoas. Portanto, é vital não ir ao hospital desnecessariamente. Não há fórmula fitness no mundo que possa cuidar de várias outras pessoas ao mesmo tempo. Muitos morreram na China porque não havia médicos ou ventiladores para tratá-los ao mesmo tempo. A maioria das outras pessoas tem um caso de gripe, que vai embora em poucos dias. . Só deixamos hospitais para os casos mais graves.

Como você conseguiu sequenciar o genoma das duas primeiras instâncias do coronavírus no Brasil em dois dias? Nós o controlamos basicamente organizando as pinturas. Desde o surto de Ebola na África em 2013, uma geração de sequenciamento genético rápido está em andamento. Aprendemos sobre o surto de zika, que começou em 2016, com Nick Loman, da Universidade de Birmingham, no Reino Unido. Unido. Como precisávamos de amostras inteligentes de vírus, Ingra Morales Claro, uma aluna de doutorado que supervisiono e que havia acabado de se formar, foi a Ribeirão Preto e coletou 100 amostras de pacientes com suspeita de zika, dos quais 16 tiveram resultado positivo. É o fim da epidemia. Nick trouxe os reagentes e o sequenciador portátil, o MinIon, para ver se os primers [reagentes] que ele tinha pronto poderiam pintar com as amostras aqui. Na sequência, Nick e Luiz Alcântara, da Fiocruz da Bahia, com seus times, viajaram para o Nordeste para ver se essa estratégia só pode ser aplicada em campo. Ele pintou. Podemos não apenas encontrar vírus que já conhecemos, mas também identificar agentes desconhecidos por meio de uma estratégia chamada metagenômica. Desde 2016, temos educado outras pessoas para usar essa estratégia. Ingra passou seis meses em Birmingham e ministramos muitos cursos. Para o coronavírus, pintamos para adaptar os primers e reduzir o custo, de US $ 500 [R $ 2. 200] para US $ 20 [R $ 89].

Como você conseguiu isso? Processe mais amostras de uma vez. Antes só usamos uma amostra, agora são 20 de cada vez, reduzimos o tempo de pesquisa e podemos fazer mais uso da célula de fluxo, um chip descartável, com essa técnica, no final de 2019, começamos a correr com IAL no sequenciamento do vírus da dengue. Quando o coronavírus impressionou na China, Nick fez os primers, enviou para a China e nós também. Vimos que tínhamos que localizar a força para fazer o coronavírus também. Também está expandindo tecnologias para agências de fitness, que fazem as coisas acontecerem, especialmente em tempos de crise.

Leitura automática do genoma de Leo Ramos Chaves A gota que cai sobre uma lacuna no sorotipo portátil compreende porções do material genético, ácido ribonucleico (RNA), do coronavírus. Os extratos, que compõem a biblioteca RNA, são colocados na forma de mídia Y que têm compatibilidade com os microporos do chip do seriesador. Um elétrico existente reage com as bases nitrogenadas (adenina, citosina, timina e guanina, que se repetem no genoma) do RNA e as identifica. programa chamado Rampart, que compara os efeitos do sequenciamento existente com uma referência fundamental. “Dez minutos após o início do sequenciamento, já conseguimos identificar o vírus e a comparação com a série fundamental começa”, diz o biomédico Ingra Morales Claro. pesquisador do Instituto de Medicina Tropical da USP. A investigação de cada banco RNA – ou execução – leva 24 horas Leo Ramos Chaves

Qual foi a participação do IAL? O IAL fez tudo, só te ajudamos e vamos ajudá-lo mais se quiser, quem secuenció os dois coronavírus – e o seguinte – foi a equipe de Claudio Sacchi no IAL, só carregamos um notebook, pois o programa pintou melhor nele. Na quarta-feira após o carnaval, Sacchi ganhou o padrão de vírus do primeiro paciente e chamou Jaqueline Goes de Jesus, que está fazendo pinturas de pós-doutorado no meu laboratório, e eles começaram a pintar. Cada corrida em MinIon leva 24 horas. O primeiro não foi bom, talvez por causa de um problema de diluição da cartilha, e eles fizeram outro. O momento em que alguém pintou. No mesmo dia, enviamos o conhecimento de sequenciamento a um repositório público, Gisaid [Iniciativa Global para Compartilhar Todos os Dados de Influenza], seguindo o conselho da Organização Mundial da Saúde para abrir os resultados clínicos. Nuno Farias, de Oxford, realizou as análises comparativas com outros genomas coronavírus.

O que é que você fez? Não participei diretamente, mas segui o trabalho. Quando eu estava pronto, em vez de pensar em escrever um trabalho clínico imediatamente, Nuno e eu fizemos um resumo que foi para Virology. org. Dois dias depois, com o vírus do momento, Sacchi e Jaqueline procuraram fazê-lo em 24 horas e fizeram isso, era um sábado, 29 de fevereiro e saíram às 3 da manhã, já de madrugada, do meu laboratório aqueles que trabalharam ao máximo são Jaqueline e Ingra Jaqueline usaram uma técnica, MinIon, que Ingra tinha dado um passo à frente e está usando para fazer metagenomics, mas todos os bolsistas de pós-doutorado, doutores, mestrado e ensino técnico estão ajudando. atribuição e aproveitar para ser informado mais coisas. A participação de todos, o trabalho em equipe são básicos para as coisas avançarem.

Como o conhecimento do sequenciamento genético dos vírus pode ser útil?Com as sequências genéticas, e já existem mais de 250 depositados em Gisaid, podemos ver as semelhanças entre os vírus conhecidos em cada um dos mais de cem países em que esses dados podem ajudar, especialmente no início, às ações de adaptação dos consultores, identificar os recursos a partir dos quais a transmissão foi baseada e tomar medidas de precaução, com o isolamento dos funcionários públicos, mas só podemos fazê-lo se eles forem capazes de encontrar instâncias rapidamente. Não é fácil. Por enquanto, quase todos os casos no Brasil vêm de outros países, mas podem semear as sementes da epidemia. Também queremos ver como as instâncias de transmissão locais serão contidas, se houver.

O que achou da súbita celebridade provocada pelo sequenciamento do coronavírus?As mulheres do laboratório gostaram, mas fiquei surpreso com o interesse deles no nosso trabalho. A visibilidade foi prolongada devido ao Dia da Mulher. Deixamos tudo para responder aos pedidos. Comecei a ver os comunicados de imprensa como parte do trabalho. Outro dia, um parlamentar me perguntou que estudos fazemos na USP. Bem, se você não sabe, esse é o nosso erro. Não falamos bem. .

O que mais Cadde fez? Os mapas dos casos de dengue no estado de São Paulo estão quase prontos. Concluímos a investigação de mil genomas do vírus da febre amarela e coletamos mosquitos nas montanhas da Mantiqueira, com iAL, e nas florestas do Vale do Ribeira, com a Faculdade de Saúde Pública, para ver se o vírus ainda está vivo, como na Amazônia, ou se já desapareceu. Talvez isso continue se você tiver um hospedeiro que não morra pelo vírus.

O que você fazia antes de ser contratado pela USP em 2011? Em 1986, logo após terminar minha residência, fui contratado pela Seção de Hepatites e Aids do IAL e me tornei pediatra. Comecei um mestrado em hanseníase, mas depois passei para a AIDS. Ganhei uma bolsa da Fogarty Foundation e passei dois anos em San Francisco, nos EUA, onde aprendi biologia molecular e como pintar rapidamente. Voltei a pintar na Fundação Pró-Sangue e continuei no IAL, de onde saí em 1996. Em 2006, comecei uma missão no National Institutes of Health dos Estados Unidos, que continua Array para examinar doenças transmitidas pelo sangue. Em 2012, já na USP, comecei a correr com outras pessoas de Oxford para ver se o vírus da dengue poderia ser transmitido pelo sangue e como. Mas minha pintura vital mais importante é a doença de Chagas. Em uma das altas recentes, mostramos que cerca de 15% das outras pessoas inflamam espontaneamente. Ainda é grave, mas é um fato atraente que muda a compreensão da história fitoterápica da doença. Peguei o coronavírus por acaso, mas espero ajudar a prevenir essa epidemia.

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