Estão abertas as inscrições para o Edital de bolsa FAPESP TT-V no Projeto Temático “Diversidade de roedores neotropicais (rodentia: sciuridae, cricetidae, echimyidae): origem, evolução e biogeografia”. Podem se candidatar profissionais Bioinformata com Experiência em HPC, Administração de Sistemas e Genômica.
Abaixo, segue mais informações:
Coordenador do Projeto FAPESP: Alexandre Reis Percequillo
Local: Laboratório de Mamíferos ESALQ USP (https://lamaesalq.weebly.com e @lamaesalqusp)
Email para inscrições: percequillo@usp.br
# processo FAPESP: 2020/11444-0
Pesquisador Responsável: Alexandre Reis Percequillo
Unidade/Instituição: ESALQ/USP
Tipo de Bolsa: TT-V
Área do conhecimento: Zoologia
Data limite para inscrição: 30 de março de 2025
Início da bolsa: 15 de abril de 2025
Área de Atuação: Bioinformática
Cargo, carga horária e remuneração: Bioinformata com doutorado ou 5 anos de experiência na área, para participar de projeto Temático FAPESP em desenvolvimento no Laboratório de Mamíferos da ESALQ USP como bolsista TT-5 FAPESP (24 meses, 40h semanais, R$ 9.318,80 mensais).
Descrição:
As amostras deste Temático serão estudadas em abordagens genômicas e os dados gerados serão volumosos e as atividades de organização, armazenamento e adequação destes dados requererão um trabalho minucioso de bioinformática, envolvendo ainda métodos e conceitos de TI. Além disso, desejável que o bolsista tenha experiência com montagem de genomas e é essencial que dados disponíveis em repositórios abertos possam ser utilizados em análises conjuntas com os dados genômicos que produziremos. Por esta razão o bolsista TT-V conduzirá estas análises no laboratório e auxiliará os bolsistas de IC e PG no desenvolvimento de seus projetos, além de gerenciar toda a informação genética que será produzida ao longo do desenvolvimento do projeto, como:
- Gerenciar os bancos de dados de sequências de nucleotídeos geradas com análises SANGER e Next-Generation (AHE, UCE, Genomas completos, Mitogenomas);
- Fazer a etapa de bioinformática dos dados gerados nas análises genômicas;
- Elaborar rotinas e scripts em R, Java e outras linguagens para auxiliar as análises;
- Conduzir análises nos clusters de computadores;
- Fazer o “upload” dos dados da coleção e dos dados gerados nas análises (sequências, alinhamentos, protocolos de análise) em repositórios online;
- Conduzir programas de treinamento de estudantes do laboratório e de outros laboratórios da ESALQ e USP em técnicas de bioinformática.
Qualificação:
- Doutorado ou 5 anos de experiência em Bioinformática, Biologia Computacional, Ciência da Computação ou área relacionada à genômica ou filogenômica.
-Experiência com administração de sistemas Linux, particularmente em ambientes HPC.
- Proficiência com sistemas de agendamento de tarefas e gerenciamento de recursos em HPC, preferencialmente SLURM.
- Compreensão de fluxos de trabalho de análise de dados genômicos e ferramentas de bioinformática.
- Experiência com linguagens de script como Python, Perl, Bash, cc, c++, gcc, para automação e desenvolvimento de pipelines.
- Conhecimento em dados de sequenciamento de alta produtividade e software de bioinformática associado (por exemplo, BWA, GATK,etc.).
- Familiaridade com configuração e gerenciamento de redes em um ambiente de cluster.
- Experiência com soluções de armazenamento, incluindo configuração e gerenciamento de RAID.
- Experiência na construção de programas para genômica, projetados para execução em paralelo ou em nós específicos de um cluster HPC.
- Capacidade de trabalhar colaborativamente em um ambiente de pesquisa multidisciplinar.
- Excelentes habilidades de resolução de problemas, convívio em ambiente de pesquisa e atenção aos detalhes.
- Habilidade para interação acadêmica, com capacidade de comunicação para orientação e treinamento.
Candidatura:
Interessados favor enviar e-mail para percequillo@usp.br, com assunto “seleção TT-V FAPESP” contendo CV lattes, uma carta de apresentação relatando sua experiência e nomes e contatos de 3 referências profissionais e/ou acadêmicas.
Acesse o edital completo em linktr.ee/lamaesalqusp.