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Duas sequências genômicas completas para coronavírus foram publicadas no Brasil

Publicado em 05 março 2020

Apenas dois dias após o primeiro caso de coronavírus da América Latina ter sido confirmado em São Paulo, a maior cidade do Brasil, pesquisadores do Instituto Adolfo Lutz (IAL) da Universidade de São Paulo (USP) no Brasil e da Universidade de Oxford no Reino Unido publicaram uma sequência genômica completa do vírus que eles contataram. Coronavírus síndrome respiratória aguda tipo 2 (SARS-CoV-2).

 

De acordo com um relatório publicado em 28 de fevereiro, em Virological.org um fórum de discussão e dos dados utilizados pelos epidemiologistas e profissionais de saúde virologistas. Esse tipo de informação ajuda a entender como o vírus está se espalhando pelo mundo e útil para o desenvolvimento de vacinas e testes de diagnóstico.

"Seqüenciando nosso genoma, chegamos perto de encontrar a origem dessa epidemia. Sabemos que os casos confirmados no Brasil vieram da Itália, mas os italianos ainda não sabem a origem do surto na Lombardia, pois ainda não sequenciaram suas amostras. Eles identificam o paciente como zero e não sabem se são da China diretamente ou de outros países ”, afirmou Esteban Sabino, presidente da Agência FAPESP do Instituto de Medicina Tropical da USP (IMT) .

Segundo Sabino, a primeira sequência brasileira de similaridade de sequências na Alemanha em 28 de janeiro e diferente da sequenciação do genoma em Wuhan é o foco dessa epidemia na China. "O vírus sofre mutação relativamente pequena uma vez por mês, em média, de modo que não faz sentido sequenciar um pequeno fragmento do genoma. Para entender como o vírus está se espalhando e evoluindo, precisamos mapear todo o genoma ", afirmou.

Pesquisadores do IAL também completaram toda a sequência do genoma de coronavírus do segundo paciente brasileiro com COVID-19 como uma doença que foi oficialmente concluída em 29 de março. Apenas 24 horas após a confirmação do caso no Brasil, há uma diferença entre Genomas de vírus isolados do primeiro e do segundo pacientes.

"O segundo genoma brasileiro é mais semelhante ao seqüenciamento de genoma no Reino Unido e ambos diferentes das sequências chinesas. Isso mostra que o COV-19 é uma epidemia na Europa, no sentido de que a transmissão interna está ocorrendo atualmente nos países europeus ”, afirmou Sabino.

O monitoramento contínuo do processo, acrescentou, permitirá que os cientistas identifiquem áreas do genoma viral que sofrem mutações em pelo menos uma etapa fundamental no desenvolvimento de vacinas e testes de diagnóstico. "Se o teste está direcionado para uma região que tem uma mutação genética, muitas vezes haverá alta probabilidade de perder alergia", afirmou.

Vigilância epidemiológica

Sabino e Nuno Faria, professor da Universidade de Oxford, estão colaborando com os principais pesquisadores do Centro de Arbovírus Brasil-Reino Unido para Descoberta Genética e Epidemiológica ( CADDE ). O projeto é apoiado pelo Conselho Britânico de Pesquisa Médica da FAPESP e pelo Newton Fund, com o objetivo de realizar análises epidemiológicas em tempo real de arbovírus, como dengue e zika.

"O projeto criará uma rede de pesquisadores dedicados a responder a epidemias e análises de dados epidemiológicos em tempo real", afirmou Sabino. "O objetivo é fornecer o princípio de ajudar o serviço de saúde e não apenas disseminar informações meses após o problema".

Segundo Sabino, assim que a China confirmou o primeiro surto da equipe do projeto de mobilização COVID-19 de janeiro para obter os recursos necessários para a sequência do vírus assim que chegou ao Brasil.

“Começamos a colaborar com a equipe da IAL e a treinar pesquisadores sobre o uso da tecnologia de sequenciamento portátil e de baixo custo. Usamos esse método para monitorar a evolução do vírus zika nos EUA, mas, nesse caso, conseguimos rastrear a origem do vírus e espalhar o caminho apenas um ano após o término da epidemia. Dessa vez, a equipe entrou em ação assim que a primeira foi aprovada ”, afirmou Sabino ( leia mais: agencia.fapesp.br/25472 ).

A vantagem real da epidemia de vigilância em tempo real foi a capacidade adicional de identificar exatamente de onde vieram os vírus que chegam ao Brasil. Esta informação é útil para orientar medidas de inibição e ajudar a reduzir a propagação da doença.

"Esta é uma nova ferramenta para vigilância epidemiológica. Até agora, ele só foi testado na África durante o surto de Ebola ”, disse Sabino. “Queríamos lançar esta segunda sequência imediatamente para ajudar colegas na Itália a analisar seus dados. Compartilhamos o protocolo usado por nossa equipe com os italianos e os colocamos em contato com o Grupo CADDE no Reino Unido. ”

Quebrar as barreiras

O primeiro caso de COVID-19 no Brasil (BR1) foi detectado por biologia molecular em 26 de fevereiro pela equipe do IAL. O paciente infectado na Itália provavelmente foi sequenciado entre 9 e 21 de fevereiro. Um genoma viral foi sequenciado por uma equipe liderada por Claudio Sacchi, chefe do Laboratório Estratégico da IAL (LEIAL) e Jaqueline de Jesus , um pós-doutorado na Faculdade de Medicina da USP ( FM-USP) e bolsista da FAPESP .

“Esperávamos que o vírus chegasse ao estado de São Paulo e, assim que recebemos a confirmação, entrei em contato com nossos colegas do IMT-USP. Trabalhamos com eles há meses no uso de um monitor dongle ”, disse Sacchi à Agência FAPESP .

“Somos capazes de superar alguns obstáculos com este estudo. Equipes e tecnologia treinadas pela universidade são transferidas para que o vírus possa sequenciar no lugar certo no centro responsável pela vigilância epidemiológica. O que fazer ", disse Sabino.

Além do IAL e da USP, os participantes do CADDE incluem membros do Centro de Controle de Doenças Nativas (SUCEN) e do Centro de Vigilância Epidemiológica (CVE), que são organizações de São Paulo, Departamento de Estado, Departamento de Saúde.

Restrição de aplicativo

Desde meados de janeiro, o especialista em doenças infecciosas Esper Kallás tem ajudado o Professor de FM-USP da Secretaria de Saúde de São Paulo a desenvolver atendimento estratégico para pacientes infectados com SARS-CoV-2. Este Instituto Emilio Ribas e o Hospital Geral da FM-USP (Hospital das Clínicas) designaram centros de referência para casos graves no estado.

"O Hospital Des Clínicas segue um protocolo de resposta a emergências e resposta a desastres chamado HICS [ Incidente no Sistema de Comando do Hospital ] que levou ao atendimento de vítimas de um tiroteio em escola em Sosno [ cidade de São Paulo onde dez pessoas foram mortas]. 2019 ] e a epidemia de febre amarela em 2018. Já estabelecemos todos os cuidados atuais para antecipar a epidemia iminente de coronavírus ”, disse Kallás.

Ele acrescentou que foi criado um grupo de trabalho para discutir protocolos clínicos realizados com pacientes diagnosticados e tratados pelo governo no sistema de saúde.

"Esse planejamento estratégico e a rápida liberação do genoma viral mostram a capacidade científica e de responsabilidade de alta qualidade do Estado de São Paulo e ajudam a entender a ameaça à saúde pública", disse Kallás.

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