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MediMagazine (Itália)

COVID 19: il sequenziamento dei genomi SARS-CoV-2 mostra differenze tra i diversi casi

Publicado em 05 março 2020

Por https://www.facebook.com/Medimagazine/

Immagine: nuovo coronavirus SARS-CoV-2: questa immagine al microscopio elettronico a scansione mostra SARS-CoV-2 (parti rotonde in giallo) che emerge dalla superficie delle cellule coltivate in laboratorio. SARS-CoV-2, noto anche come 2019-nCoV, è il virus che causa COVID-19. Il virus mostrato è stato isolato da un paziente negli Stati Uniti. La prima sequenza brasiliana ricorda da vicino i campioni sequenziati in Germania. Il secondo genoma brasiliano è più simile al genoma sequenziato nel Regno Unito. Credito: NIAID-RML.

Il coronavirus SARS-CoV-2, che causa COVID-19, si sta rapidamente diffondendo in tutto il mondo. Con l’alto tasso di infezione e diffusione del virus in oltre 80 paesi, gli scienziati stanno lavorando intensamente per studiare la natura del virus, nella speranza di trovare nuovi vaccini e terapie.

Ora, gli scienziati hanno pubblicato due sequenze di genomi per la sindrome respiratoria acuta grave coronavirus di tipo 2 (SARS-CoV-2). Gli scienziati, dell’Adolfo Lutz Institute (IAL), dall’Università di São Paulo (USP) in Brasile e dall’Università di Oxford nel Regno Unito, hanno pubblicato il loro studio su Virological.org che è un forum di discussione condiviso da virologi, specialisti della salute pubblica ed epidemiologi in tutto il mondo.

Genomi diversi

Il team ha scoperto che la sequenza genomica del coronavirus SARS-CoV-2 campionata dal primo caso confermato in Brasile è diversa da quella acquisita dal secondo caso confermato nel paese. Inoltre, le due sequenze complete del genoma erano diverse da quelle dei pazienti in Cina.

La scoperta scientifica è stata aggiunta a un database internazionale in cui circa 22 paesi hanno pubblicato i genomi sequenziati del virus, un lavoro condiviso per comprendere e conoscere la natura del virus. Comprendendo come si comporta il virus e in che modo influenza la salute delle persone infette in base alle caratteristiche genetiche di ogni popolazione, è possibile sviluppare migliori terapie e potenziali vaccini.

La Cina ha pubblicato il genoma completo del coronavirus 2019, ora ufficialmente chiamato SARS-CoV-2, che è servito da base per i metodi diagnostici che ora vengono utilizzati in tutto il mondo. I risultati dell’analisi del genoma hanno anche portato gli scienziati a formulare potenziali vaccini che possono aiutare ad arginare la diffusione del virus.

Ora, questa nuova analisi genomica dei due pazienti in Brasile farà luce su come il virus colpisce la popolazione di ciascun paese. L’attività del virus può influenzare diversamente la popolazione di ciascun paese. Inoltre, l’analisi del genoma in ogni paese può aiutare a determinare come si muove il virus, porta a casi non correlati e dove ha avuto origine.

“Sequenziando il genoma, ci siamo avvicinati alla scoperta dell’origine dell’epidemia. Sappiamo che i casi confermati in Brasile provengono dall’Italia “, ha detto Ester Sabino, capo del Tropical Medicine Institute (IMT) dell’USP. Inoltre, Sabino ha aggiunto che la prima sequenza brasiliana ricorda da vicino i campioni trovati in Germania ed è diversa da quelle di Wuhan, in Cina, epicentro dell’epidemia in cui il virus è emerso alla fine di dicembre 2019. Tuttavia, il secondo genoma del Brasile è più simile al genoma del virus del Regno Unito, il che suggerisce che la trasmissione interna sta avvenendo nei paesi europei.

Vedi anche: Tedros Adhanom dell’ OMS, parla della situazione COVID 19 a livello globale

Progressi nel monitoraggio in corso

I progressi in corso nel monitoraggio aiuteranno gli scienziati a identificare le regioni specifiche del genoma virale che mutano meno, un passo fondamentale nello sviluppo di vaccini, test diagnostici e terapeutici. Il nuovo progetto nel determinare le sequenze genomiche del virus può aiutare a combinare l’esperienza di molti scienziati nella risposta alle epidemie, incluso lo studio dei dati epidemiologici in tempo reale.

“Abbiamo iniziato a collaborare con il team IAL e ad addestrare i ricercatori a utilizzare MinION, una tecnologia di sequenziamento portatile e a basso costo. Abbiamo usato questa metodologia per monitorare l’evoluzione del virus Zika nelle Americhe, ma in quel caso siamo stati in grado di tracciare l’origine del virus e la via di diffusione solo un anno dopo la fine dell’epidemia. Questa volta il team è entrato in azione non appena è stato confermato il primo caso “, ha detto Sabino. Al momento, i ricercatori sollecitano altri scienziati sul campo in altri paesi a eseguire sequenze di genomi dei loro casi confermati. Con i vasti dati sul virus, si può far luce sul suo meccanismo, facilitando lo sviluppo di antivirali e possibili vaccini.

Magnitudo dell’epidemia di coronavirus

Il coronavirus (COVID-19) si sta rapidamente diffondendo nei Continenti. A livello globale, il numero totale di casi di coronavirus è 95.120 e aumenta di minuto in minuto. Il bilancio delle vittime ha raggiunto 3.254. La Cina ha riportato il maggior numero di infezioni e decessi, con 80.270 casi.

Al di fuori della Cina continentale, la Corea del Sud, l’Italia e l’Iran hanno riportato alti tassi di infezione. La Corea del Sud ha 5.621 casi confermati, mentre l’Italia ha 3.089 casi e l’Iran ha 2.922 casi. L’Italia e l’Iran hanno riportato il maggior numero di morti al di fuori della Cina continentale con 107 e 92 morti, rispettivamente.

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