Para sequenciar o primeiro caso no Brasil de varíola dos macacos (monkeypox), uma equipe de cientistas levou apenas 18 horas. A estratégia usada, que envolve equipamentos de sequenciamento de genoma portáteis, foi desenvolvida com base nas experiências com outros vírus, como o zia e o coronavírus SARS-CoV-2.
O trabalho de sequenciamento foi feito pelos cientistas do Centro Conjunto Brasil - Reino Unido para Descoberta, Diagnóstico, Genômica e Epidemiologia de Arbovírus (CADDE). Os resultados do trabalho foram disponibilizados na plataforma Virological. A ferramenta é usada por cientistas de todo o mundo para compartilhar informações sobre agentes infecciosos em tempo real.
Sequenciamento do genoma custa 150 reais
“Recebemos a amostra de um paciente internado no Hospital Emílio Ribas, às 16 horas de terça-feira. Às 10 horas da manhã seguinte, o genoma do vírus — que tem quase 200 mil pares de bases — estava sequenciado e analisado", conta o pesquisador Ingra Morales Claro, membro do CADDE e bolsista da FAPESP, sobre a corrida pelo sequenciamento.
"A metodologia que desenvolvemos é, em média, 45% mais rápida do que as técnicas metagenômicas convencionais. E o custo também é menor, podendo chegar a US$ 30 por amostra”, explica o cientista. Convertido, o valor do sequenciamento é de aproximadamente 150 reais.
Para entender: as análises metagnômicas costumam ser usadas para identificar um vírus emergente e desconhecido, como foi o coronavírus SARS-CoV-2. Também podem ser usadas para detectar vírus já conhecidos, quando não se tem os reagentes específicos necessários para a validação. Este é o caso da varíola dos macacos.
Primeiro caso brasileiro da varíola dos macacos
Vale explicar que o primeiro caso brasileiro da varíola dos macacos foi confirmado pelo Instituto Adolfo Lutz. O paciente mora em São Paulo, tem 41 anos e voltou recentemente de uma viagem pela Europa, onde passou pela Espanha e por Portugal.
No processo de confirmação da infecção pelo vírus monkeypox, a equipe do Adolfo Lutz conduziu uma análise metagenômica, através de uma plataforma conhecida como Illumina. Todo o sequenciamento do genoma leva, em média, 48 horas.
Agora, a análise do CADDE foi feita a partir de um sequenciador portátil conhecido como MinION, da Oxford Nanopore Technologies. Para acelerar o processo, a equipe ainda fez adaptações no protocolo usado para sequenciar o vírus zika (a partir de 2015) e o SARS-CoV-2 (a partir de 2020), tornando-o mais rápido. Por isso, foi possível reduzir o tempo médio em 30 horas.