A linha de pesquisa em cachaça no Polo Regional Centro Oeste da Apta, em Bauru, começou em 2005, com a chegada da pesquisadora Elisangela Marques na Unidade de Pesquisa de Jaú. A necessidade de desenvolver os estudos foi identificada a partir de um levantamento de demandas e conhecimento dos produtores da região.
A pesquisadora contou que em 2007 aprovou o primeiro projeto para implantar um laboratório, com apoio financeiro da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (Fapesp). No mesmo ano, foi criado outro projeto por uma equipe multidisciplinar de pesquisadores da Apta, coordenado pela pesquisadora Celina Maria Henrique, do Polo Regional Centro Sul de Piracicaba, para diagnosticar a situação da cachaça no Estado de São Paulo, buscando os gargalos e oportunidades nos aspectos agrícolas, sociais, econômicos e ambientais.