Em 2020, o Reino Unido liderou os esforços globais de vigilância genômica do novo coronavírus (Sars-CoV-2), de 323 mil sequências publicadas até cinco de janeiro de 2021 na plataforma Gisaid, na qual cientistas de outros países percentuais dados sobre o patógeno em tempo real, 137 mil (42%) são de origem britânica, graças a este esforço que era imaginável identificar o surgimento da nova variante B. 1. 1. 7, pensada entre 50% e 70% mais transmissível do que a originária de Wuhan, na China.
Essa nova cepa foi detectada pela primeira vez no Brasil em 31 de dezembro por meio de pesquisadores do Instituto de Medicina Tropical (IMT) da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (FM-USP) e das pinturas em rede do laboratório Dasa, em amostras de dois pacientes suspeitos de Covid- 19 tratados em São Paulo. O sequenciamento das pinturas coordenadas através da professora Ester Sabino.
Com essas duas novas sequências depositadas na plataforma Gisaid, a organização de Sabino chega a 600 sequências de todo o genoma, representando cerca de 30% dos 1. 828 canais publicados por equipes brasileiras no site.
Segundo o pesquisador, isso só foi imaginável graças aos recursos humanos e de vestuário do Centro Brasil-Reino Unido para a Descoberta, Diagnóstico, Genômica e Epidemiologia da Arbovirose (CADDE), uma tarefa apoiada pela Fapesp originalmente projetada para examinar doenças como dengue e Zika.
Pesquisadores do CADDE, no entanto, que o cenário brasileiro está longe de ser ideal em termos de acompanhamento genômico do Sars-CoV-2.
“O Brasil sequencia apenas 0,024% das instâncias mostradas no país [percentual calculado com base no conhecimento da Universidade Johns Hopkins], enquanto no Reino Unido o índice chega a 5%”, diz Darlan Candide, membro do CadDE que recentemente possui doutorado pela Universidade de OxfordArray, na Inglaterra).
Embora tenha crescido mais do que alguns vizinhos sul-americanos, como Argentina (0,003%), Colômbia (0,013%) Venezuela (0. 010%), Brasil é outro país emergente, somando Índia (0,042%), México (0,096%) e África do Sul (0,256%): esta última já apresentou quase duas vezes (2882) sequências na plataforma Gisaid, embora o Brasil tenha mostrado aproximadamente sete vezes mais casos possíveis.
E, como Cândido aponta, não é apenas uma consulta de quantidade. Os dados brasileiros são mal divulgados no tempo e no espaço. “Mais de 75% das sequências realizadas hoje vêm da região Sudeste e isso limita muito a compreensão do que está acontecendo no resto do país, além disso, o conhecimento máximo foi gerado na primeira parte de 2020, apenas 8% dos canais foram publicados entre agosto e dezembro, o que o torna conhecido , por exemplo, há quanto tempo a nova variante está circulando no país e quão difundida ela é”, diz.
Os pesquisadores do CADDE desconhecem a causa exata dessa “queda de energia” que ocorreu na época do ano passado. Entre as hipóteses discutidas estão as dificuldades de carregamento dos reagentes utilizados no sequenciamento genômico, a carga superior de insumos e aparelhos (agravada pelo dólar emergente) e a falta de profissionais qualificados para esse tipo de tinta ao ar livre na região sudeste.
“No nosso caso, tivemos desordens carregando alguns dos insumos faltantes do mercado interno. Ganhamos muitos reagentes de má qualidade e tivemos que reimportar. Além disso, estávamos concluindo projetos no primeiro semestre, um dos quais visa perceber a taxa de transmissão hospitalar”, explica o doutorando da Faculdade de Medicina da USP (FM) Ingra Claro.
O virologista Fernando Rosado Spilki, que coordena a rede Corona-Emica, criada entre março e abril através do Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovações (MCTI) para liderar os esforços de vigilância genômica no país, admite que houve um atraso nos últimos semestres, porém, isso garante que um esforço está sendo feito neste momento para recuperar o tempo perdido.
“A maioria das sequências publicadas na primeira parte do ano foram feitas com um orçamento de alocação sobre outros temas já em vigor e foram redirecionadas para pesquisa sars-CoV-2. Embora as agências de progressão tenham feito esforços maravilhosos para retirar temporariamente mais recursos, existem obstáculos burocráticos que tornam esse procedimento tedioso”, disse Spilki à Agnoncia Fapesp.
Segundo o virologista, a nova série já concluída, ainda em análise, será publicada muito em breve em plataformas estrangeiras. “Após o sequenciamento, há muita bioinformática a ser feita e isso requer uma infraestrutura de computador que não seja construída da noite para o dia. melhorar essa infraestrutura e fazer um investimento em insumos. Pretendemos criar uma organização executiva para séries amostrais dessa época menos estudadas [segunda parte de 2020] e também acompanhar o que está acontecendo com o vírus agora”, diz Spilki.
A Rede Corona-Emica conta com recursos da Finep e reúne entidades como o Laboratório Nacional de Informática Científica (LNCC/RJ), o Instituto Adolfo Lutz (IAL/SP), a Fundação Os Cruzwaldo (Fiocruz/RJ e PE), a Fundação Ezequiel Dias (Funed/MG), o Instituto Evandro Chagas (IEC/PA), a Universidade Estadual de Campinas (Unicamp) e a USP.
Até a publicação do novo conhecimento, os dados publicados por meio da equipe do CADDE e dos colaboradores da Ciência continuarão a ser aplicados em julho de 2020 (última edição do artigo publicado em setembro).
“Sabemos agora que há outras 38 cepas de Sars-CoV-2 circulando no Brasil. Aparentemente, as 3 variantes de origem europeia que surgiram em São Paulo e no Rio em fevereiro de 2020 ainda dominam. Mas como há pouco conhecimento publicado, depois de julho, é imaginável que isso tenha mudado”, diz Cândido.
O Brasil, sendo um país de dimensões continentais, diz Cândido, o que acontece no norte ou sul não é necessariamente semelhante ao observado no sudeste. “É essencial perceber a diversidade genética do vírus que circula no país. Só então será imaginável tropeçar em cepas emergentes e se elas podem ter um efeito sobre a transmissão, número de casos e gravidade da doença. Sem esse tipo de estudo, ficamos no escuro “, disse ele. Adverte.
Novo esquema epidemiológico
Segundo Sabino, cerca de 800 cepas do novo coronavírus foram relatadas em todo o mundo. A variante britânica B. 1. 1. 7, também conhecida como VOC (variante preocupante), é uma das poucas que tem mostrado outro hábito epidemiológico da cepa. originária de Wuhan, China.
“No início era muito raro e só foi descoberto no sudeste da Inglaterra. Mesmo com todas as medidas, sua frequência é maior e hoje é responsável por cerca de 60% dos novos casos diagnosticados em Londres. Quando fizeram a curva de expansão, ficou claro que essa cepa tinha uma taxa de transmissão maior do que as demais”, explica o pesquisador.
O grande número de mutações na região do genoma que codifica a proteína complexa, que é usada através do vírus para se ligar ao receptor móvel humano e tornar a infecção imaginável, tem sido destacado pelos cientistas como a causa do aumento da chance de contágio B. 1. 1. 7 (Para mais informações: agencia. fapesp. br/34932/).
O caso é que essas mutações já estão começando a se sensibilidade aos testes diagnósticos, alerta José Eduardo Levi, pesquisador do IMT-USP, da rede de laboratórios Dasa e um dos culpados pela detecção da nova cepa no Brasil.
“Eu não prestei muita atenção a ele quando li a descoberta de B. 1. 1. 7 em meados de dezembro. No entanto, algum tempo após o Natal, foi relatado que a cepa era mais transmissível e que os portadores dessa variante tiveram um resultado positivo. resultou em alguns controles RT-PCR. Quando li este relatório, sabia que o controle que eles estavam usando no Reino Unido era o mesmo que tínhamos acabado de implementar na rede Dasa para controle de saliva”, diz Levi.
Como explica o pesquisador, é um RT-PCR que visa 3 genes, um dos quais é codificado para a proteína complexa [S]. Quando o paciente fica inflamado com a nova variante, é negativo para o gene S e positivo para os outros dois.
“Então eu tive o conceito de pedir à equipe da Dasa para analisar todos os testes positivos de saliva, ainda não havia muitos, e escolher os que tinham esse padrão. Descobrimos duas amostras e tentamos tocar os pacientes. Um deles relatou ter recebido recém-chegados do Reino Unido. Então eu tinha certeza que era a nova variante, mesmo antes do sequenciamento”, diz ele.
Levi enviou as duas amostras para sequencia-las através dos pesquisadores do CadDE e Lutz e a suspeita foi confirmada.
“Nós sequenciamos as cortinas de uma geração portátil e barata chamada MinION. Em seguida, comparamos o resultado com o genoma de referência [mapeado em 2019 na China] e com outras 127 cadeias dessa variante B. 1. 1. 7 que serão realizadas na plataforma Gisaid, o que permitiu a estrutura de árvores filogenéticas. O conhecimento implica que as amostras correspondem a duas introduções independentes”, explica Flavia Sales, mestre pela FM-USP sob a direção de Sabino.
Os pesquisadores ressaltam a importância de acompanhar a evolução genômica do vírus com a precisão dos testes diagnósticos e a eficácia das vacinas.
“Ainda não sabemos se essa nova cepa vai apresentar o mesmo comportamento no Brasil do Que no Reino Unido. Também não sabemos se as cepas aqui são mais ou menos transmissíveis. De qualquer forma, os laboratórios que usam esse tipo de kit para ler sobre o RT-PCR [com um concentrado no gene de proteína complexa] re-analisam seus protocolos”, diz Sabino.
Levi diz que a Dasa pretende modificar os reagentes utilizados em testes de RT-PCR realizados com secreção intranasal (coletado com cotonete) para que eles também possam encontrar essa tendência em pacientes com a nova variante. “Isso pode ajudar a acompanhar a disseminação da cepa B. 1. 1. 7 no país”, explica o pesquisador.